De weduwe Barny woont in het door de nazi's bezette Frankrijk en zorgt in een klein dorpje voor haar half-joodse dochter. Als de Duitsers arriveren, besluit ze haar te dopen en kiest daarvoor priester Léon Morin. Nadat ze enige tijd met hem heeft doorgebracht, verandert de relatie met haar biechtvader in een confrontatie met zowel God als haar eigen onderdrukte verlangen.