Dr. Evil gebruikt een tijdmachine om terug te reizen naar 1969, waar hij Austin Power's mojo steelt. De Britse geheim agent moet nu terugreizen in de tijd om dit, met de hulp van Felicity Shagwell, terug te vinden. Ondertussen ruziet Dr. Evil vrolijk verder met zijn zoon, en bouwt 'ie een goede vriendschap op met Mini Me, een kloon van zichzelf, maar dan 8 keer zo klein.