Nadat een klein kind gewond en verminkt raakt bij het afgaan van een bom uit de Tweede Wereldoorlog, gaat het als een ander mens door het leven, genaamd Black Jack; een goed geklede, mysterieuze en met bijzondere kwaliteiten gezegende figuur. Daarnaast is hij ook nog eens een kwakzalver die, wel tegen belachelijk hoge betalingen, zijn uiterste best doet om zijn patiënten te helpen. Op een dag is Black Jack getuige van een terroristische aanslag en schiet te hulp.