De film vertelt het verhaal van de voormalige directeur van de FBI, J. Edgar Hoover. De focus wordt gelegd op de schandalen in zijn carrière en zijn controversiële privéleven. Helen Gandy, de vrouw die 54 jaar lang zijn secretaresse was, had een aanzienlijke invloed op de directeur en was, naar het schijnt, op de hoogte van zijn geheimen. En geheimen had hij zeker. Zo had Hoover onder andere jarenlang een geheime relatie met zijn mannelijke assistent Clyde Tolson.