We bevinden ons in een Meiji-tijdperk in Japan, waar mensen en youkai naast elkaar bestaan. Om de onderlinge conflicten het hoofd te bieden, richt de regering het 'Ministerie van Youkai en Volk' op, wiens taak het is de vrede te waarborgen. De medewerkers van het ministerie bestaan ​​uit zowel mensen als youkais, evenals het mens-youkai-meisje van gemengd ras Zakuro. Samen strijden ze voor een beter begrip tussen de twee groepen.