Het verhaal volgt Motoko Kusanagi, een zeer bekwaam lid van het leger, die bij haar ontmoeting met Daisuke Aramaki, een huidig ​​hoofd van de Openbare Veiligheidssectie 9, in minder dan wenselijke omstandigheden moeite heeft om haar naam te zuiveren terwijl ze haar eigen onafhankelijke team vormt met de hoogste prioriteit. onder de sponsoring en leiding van het opperhoofd Aramaki zelf. Ghost in the Shell: Arise is een nieuwe versie van Masamune Shirow's Ghost in the Shell.