Święty Mikołaj ma wypadek i rozbija się z saniami na Madagaskarze, czego rezultatem jest amnezja, dlatego Alex, Marty, Melman i Gloria z pomocą pingwinów muszą rozwieść wszystkim prezenty i uratować Boże Narodzenie przed totalną katastrofą. Przy okazji zamierzają wykorzystać sanie Świętego Mikołaja, by w końcu wrócić do domu, do nowojorskiego ZOO. Tymczasem pingwiny rozpoczynają wojnę z reniferami o to, który biegun jest ważniejszy.