Minęły dwa lata od ostatecznej bitwy z Sephirothem. Choć Midgar, miasto mako, miasto dobrobytu, zostało zredukowane do ruin, jego mieszkańcy powoli, lecz systematycznie kroczą drogą ku odbudowie. Jednak tajemnicza choroba zwana Geostigmą dręczy ich. Nie ma na nią lekarstwa, a jej ofiara umiera jedna po drugiej, pozbawiając ludzi resztek nadziei.