Através de uma tecnologia revolucionária que desvenda suas memórias genéticas, Callum Lynch revive as aventuras do seu antepassado, Aguilar, na Espanha do século XV. Callum descobre que é descendente de uma misteriosa sociedade secreta, os Assassinos, e que reúne conhecimentos e habilidades extraordinárias para controlar a opressiva e poderosa organização Templários no presente.