A tripulação da Dark Star está numa missão de 20 anos que consiste em abrir um trilho no espaço destruindo planetas que estão no caminho das rotas de navegação. Só que, perto do fim da jornada, tudo começa a correr mal, com um alienígena que parece uma bola de pelo, sistemas informáticos avariados e uma bomba inteligente que acha que é Deus.