A caminho de uma Competição Pokémon, o nosso grupo de aventureiros passa pela Aldeia dos Álamos, onde ficam situadas as Torres Espaço-Tempo. Acompanhado por Alice e pelos seus amigos, Ash descobre que algo está a provocar horríveis pesadelos, tanto a pessoas, como ao Pokémon! Gil Cacique, um tipo muito bem vestido, mas extremamente arrogante, atribui de imediato a responsabilidade destes factos a Darkrai. Como se tivesse ouvido tal acusação, Darkrai aparece e confronta os nossos Heróis! Quem é o Darkrai? Será amigo ou inimigo? Os céus rasgam-se, por cima da Aldeia dos Álamos e os Pokémon Lendários Dialga e Palkia perseguem-se através das fendas de uma nova dimensão, numa batalha sem fim, que ameaça destruir o continuum espaço-tempo! Será que Ash e os seus amigos vão sobreviver aos acontecimentos e descobrir a verdadeira natureza de Darkrai?