A história decorre seis meses após os eventos originais do mangá Yu-Gi-Oh!, Mutou Yugi e seus amigos estão no último ano do ensino médio e conversam sobre o que irão fazer no futuro. Enquanto isso, Kaiba Seto comanda uma escavação para recuperar as peças do Quebra-Cabeça do Milênio das ruínas da câmara do Milênio. A relíquia anteriormente continha a alma de seu rival, Atem, que ele espera ressuscitar para o enfrentar. A escavação é interrompida por um homem misterioso, que enfrenta Kaiba numa partida de Monstros de Duelo e rouba duas peças do Quebra-Cabeça. Qual é seu verdadeiro motivo? As apostas nunca estiveram tão altas; as rivalidades nunca tão ferozes; os riscos nunca tão grandes.