Conta a história da fuga dos humanos, 20 e poucos anos depois da batalha do Yamato contra o Planeta Aquarius, de um buraco negro móvel que ameaça não só a Terra, mas todo o Sistema Solar. Para liderar uma das frotas, O capitão Kodai lidera o novo Yamato no resgate, enfrentando uma aliança galáctica que quer dar fim aos planos de imigração humana para outro planeta!