Ano 2199. A Terra foi transformada em um deserto radioativo pelos pesados ​​bombardeios do império alienígena de Gamilas. A humanidade refugiou-se sob a superfície da Terra, mas os cientistas preveem apenas um ano de sobrevivência. Nestes dias de desespero, chega uma mensagem das profundezas siderais da Rainha Starsha de Iscandar, que oferece aos terráqueos um dispositivo capaz de trazer a vida de volta à Terra. Mas para recuperar o dispositivo é necessário ir até o planeta Iscandar, uma jornada de 296.000 anos-luz a ser completada em 363 dias enfrentando toda a frota de Gamilas. A última esperança da Terra é confiada ao couraçado espacial Yamato e sua jovem tripulação.