Arthur Jeffries, um agente do FBI rebaixado para operações de rotina, vai interessar-se pela situação do pequeno Simon Lynch, um menino de nove anos, autista, que teve os seus pais misteriosamente assassinados. Com o desenrolar das investigações, descobre que o menino tem uma inclinação natural para decifrar enigmas, charadas e problemas mentais altamente complexos, e que o crime está relacionado com a maneira fácil com que ele decifrou um código militar norte-americano, no qual o Governo acabara de investir milhões de dólares. Agora, a vida de Simon corre perigo e depende inteiramente da protecção de Arthur Jeffries, que não vai poder contar com o apoio da sua própria agência.