Sonic, Knuckles e Tails reúnem-se contra um novo e poderoso adversário, Shadow, um vilão misterioso com poderes diferentes de tudo o que alguma vez tiveram de enfrentar. Ao terem as suas capacidades ultrapassadas em todos os aspetos, a Equipa Sonic tem de recorrer a uma aliança inesperada, na esperança de conseguir deter Shadow e proteger o planeta.