No futuro a Terra foi invadida e está em guerra com seres alienígena de outra dimensão chamados de Nova. A fim de combatê-los, Pandoras, meninas geneticamente com uma grande capacidade de luta e poderes especiais e Limitadores, parceiros das Pandoras que usam o “Freezing” (congelamento), que limita a mobilidade do Nova. A série foca em Kazuya Aoi, um “limitador” cuja falecida irmã era uma “Pandora” e em Satellizer El Bridget, uma poderosa “Pandora” de personalidade fria, ambos matriculados na West Genetics Academy, uma das muitas academias que treinam Pandoras e limitadores. Apesar de todos os avisos que seus amigos lhe dão a respeito de Satellizer, que sofre de uma intensa afefobia, Kazuya decide se tornar seu amigo e Limitador. A história segue com o relacionamento de Kazuya e Satellizer, os estudantes da academia e a guerra contra o Nova.