Dvaja mladí, úspešní archeológovia Eisabeth Shaw (Noomi Rapace) a Charie Holloway (Logan Marshall-Green) objavili na rôznych miestach Zeme niekoľko jaskynných piktogramov z dávnych civilizácií a postupne sa im podarilo rozlúštiť, že všetky piktogramy smerujú na jedno jediné miesto vo vzdialenom vesmíre. S týmom ďalších bádateľov sa tak na palube kozmickej lodi Prometheus vydávajú na cestu, na konci ktorej chcú nájsť odpovede na najzákladnejšie otázky ľudského bytia. Každý z nich má však rozdielnu motiváciu, prečo sa expedície zúčastniť. Elisabeth verí, že ľudstvo bolo stvorené vyššou mocou a chce sa stretnúť so stvoriteľmi a pochopiť pôvod ľudskej existencie, zatiaľ čo Holloway sa viac snaží uviesť veci na pravú mieru. Nikto z posádky však nie je pripravený na nepredstaviteľnú hrôzu, ktorá na nich čaká a netušia, že práve oni budú musieť zviesť desivý súboj o záchranu budúcnosti ľudskej rasy.