Пошто је СНМ-ов оперативац Итан Хант окривљен за терористичко бомбардовање Кремља, председник ће покренути "протокол Дух" и порећи било какву повезаност с њим и остатком агенције. Остављен без средстава и подршке, Итан ће морати да пронађе начин да скине љагу с имена агенције и спречи поновни напад. Ствари се додатно компликују кад Итана натерају да на ову мисију крене с тимом СНМ-ових колега бегунаца чије личне мотиве не зна у потпуности.