16-årige Donnie är inte direkt den typiske amerikanske tonårskillen, han ser och upplever underliga saker, saker som är menade för honom. En natt kraschar en flygplansmotor ner i Donnies hus, av en tillfällighet blir han räddad av en man i kanindräkt som heter Frank. Frank säger att världen kommer gå under om 28 dagar, 6 timmar, 42 minuter och 12 sekunder. Frank meddelar Donnie att han nu har en annan, högre mening med livet. Frank säger åt honom vad han ska göra och Donnie lyder för att han dels känner en tacksamhet skuld till Frank och dels för att han nu ser en mening med livet. Filmen grundar sig även på Deus Ex Machina. ( Som kan tolkas som Guds handling "An act of God". ) Donnie blir på grund av Frank väldigt intresserad av tidsresor och han inser så småningom att han är avsett att förändra något, frågan är bara vad?