En karismatisk präst, Fader Flynn, försöker tänja på skolans hårda och strikta regler, som länge har vaktats av Syster Aloysius Beauvier, den konservativa rektorn som tror på makt och disciplin. Politiken utvecklas och skolan har precis tagit in sin första svarta student, Donald Miller. När naiva och oskuldsfulla Syster James berättar för Syster Aloysius om sina misstankar om att Fader Flynn ger för mycket privat uppmärksamhet åt Donald sporras Syster Aloysius att börja ett korståg för att få fram sanningen och få bort Fader Flynn från skolan. Utan bevis leder Syster Aloysius en kamp som hotar att förstöra både kyrkan, skolan och människors liv.