27-årige Sam Flynn, är mycket databegåvad och son till Kevin Flynn som varit försvunnen i många år. När Sam börjar undersöka sin fars försvinnande dras han in i Trons digitala värld där hans far har vistats de senaste 25 åren. Det blir en kamp på liv och död när far och son med hjälp av den orädda krigaren Quorra försöker fly genom cyberrymden, ett avancerat och extremt farligt område - ett universum skapat av Kevin själv som har blivit mycket mer avancerat med fordon, vapen och omgivningar som man aldrig tidigare kunnat föreställa sig samt en otäck motståndare som gör allt för att hindra deras flykt.