När en avskild skola för trollkarlar ställs inför faran från en fantastisk flygande varelse utanför och ondskefulla krafter på insidan finns bara en sak att säga: Scooby-Doo! Abrakadabra-Doo. Medan de besöker Velmas syster Madelyn som har börjat på Whirlen Merlin trollkarlsakademi, får gänget se mer än en kanin i en hatt. En girig glassmogul vill stänga stället, en skrikande ande ger alla kalla kårar och en mytologisk halvdrake och halvlejon känd som en grip verkar alltför verklig. Kan Scooby-Doo, Shaggy, Daphne, Fred och Velma lära sig nog med trick för att avslöja hemligheterna som kan rädda skolan? Abrakadabra! Med dessa mysterielösare är det alltid magiskt att ha roligt.