Risen är baserad på den bibliska historien om uppståndelsen, berättad genom ögonen på en icke-troende. I syfte att motbevisa ryktena om att Messias återuppstått, och samtidigt förhindra ett uppror i Jerusalem, får Clavius, en mäktig romersk tribun, och hans medhjälpare Lucius, till uppgift att lösa mysteriet med vad som hände Jesus under veckorna efter korsfästelsen.