Hank (Pauls Dano) är strandad på en öde ö och har gett upp allt hopp om att ta sig hem igen. När liket Manny (Daniel Radcliffe) spolas upp på land förändras allt. De två bli snabbt vänner och åker på ett fantastiskt äventyr för att ta Hank tillbaka till kvinnan i hans liv. Swiss Army Man visar en värld fylld av fantasi och magisk realism men med riktiga karaktärer man kan relatera till i både drömmar och rädslor.