Varje samuraj har en herre som han är totalt lojal emot. I Ghost Dogs fall är det Louie, en underhuggare i den italienska maffian som en gång räddat livet på honom. Sedan dess har Ghost Dog utfört ett antal framgångsrika torpedjobb åt Louie. De ses dock aldrig utan håller kontakt genom brevduvor. Ingen vet något om Ghost Dog eller hur han utför sina uppdrag. Han har fått sitt namn efter sin förmåga att komma och gå utan att lämna några spår. När något går fel i ett jobb får han sin herre efter sig och hans enda utväg är att döda hela maffiafamiljen.