ชมรมคาเมนไรเดอร์ค้นพบว่ากองเรือไดซังเกียคกำลังมุ่งหน้าสู่โลก โดยมีกัปตันมาร์เวลลัสเป็นจักรพรรดิผู้ยิ่งใหญ่ กัปตันมาร์เวลลัสมีแผนที่จะครอบครองพลังอันยิ่งใหญ่ของคาเมนไรเดอร์ ซึ่งว่ากันว่าเป็น "สมบัติล้ำค่าแห่งจักรวาล" เนื่องจากมีวายร้ายซูเปอร์เซ็นไตจำนวนมากที่ฟื้นคืนชีพขึ้นมาภายใต้การบังคับบัญชา ในขณะเดียวกัน สึคาสะ คาโดยะก็กลายเป็นผู้นำที่ยิ่งใหญ่ของไดช็อกเกอร์อีกครั้ง และรวบรวมศัตรูในอดีตของคาเมนไรเดอร์เพื่อปราบทีมซูเปอร์เซ็นไต