ปลายศตวรรษที่ 19 ศาสตราจารย์ Aronnax และลูกสาว Sophie ได้โดยสารลงเรือ U.S. Navy เพื่อไปค้นหาความจริงเกี่ยวกับข่าวลือว่ามีปีศาจใต้ทะเลที่คอยโจมตีทำลายเรือเสียหายและคร่าชีวิตคนไปมากมาย และภายในเรือลำนี้ก็ยังมี Ned Land นักล่าสัตว์ทะเลที่เชี่ยวชาญในการใช้ฉมวกอีกด้วย แต่แล้วจู่ๆเรือของพวกก็โดนลอบโจมตี ทั้งสามหนีเอาชีวิตรอดและได้ค้นพบกับเรือดำน้ำนอติลุสที่บัญชาการโดยกัปตัน Nemo ชายสุดขุมมาดลึกที่เต็มไปด้วยปริศนา...