ปีนี้คือปี 2314 สองปีผ่านไปนับตั้งแต่การพ่ายแพ้ของ Innovades และการเปิดโปงอาชญากรรมของ A-Laws ต่อมนุษยชาติ A-Laws ถูกยกเลิกและโครงสร้างพื้นฐานของพวกเขาถูกผนวกเข้ากับกองทัพ Earth Sphere Federation อย่างไรก็ตาม การที่โลกถูกเปิดเผยต่ออนุภาค GN ทำให้หลายคนตื่นขึ้นเป็นผู้สร้างสรรค์สิ่งใหม่ๆ Celestial Being ได้กลับคืนสู่เงามืดเพื่อสร้างใหม่และสังเกตความสงบสุขในวัยเด็กอย่างเงียบๆ อย่างไรก็ตาม ยานสำรวจที่ถูกทิ้งร้างจากการสำรวจดาวพฤหัสบดีเมื่อ 130 ปีก่อนเข้าใกล้โลกพร้อมกับวิกฤตครั้งใหม่ซึ่งคุกคามมนุษยชาติทั้งหมด ในขณะที่ Celestial Being เริ่มภารกิจสุดท้ายในการช่วยมนุษยชาติจากภัยคุกคามที่ไม่อาจจินตนาการได้ กันดั้มไมสเตอร์ เซ็ตสึนะ เอฟ. เซอิอิ กำลังจะค้นพบจุดประสงค์ที่แท้จริงของการวิวัฒนาการของเขาในฐานะผู้สร้างสรรค์สิ่งใหม่ๆ แผนของ Aeolia Schenberg ได้ก้าวเข้าสู่ขั้นตอนสุดท้ายแล้ว...