พวกโคนันมาพักร้อนกันที่เกาะ ‘โคอุมิ’ ซึ่งกล่าวกันว่ามีพระราชวังใต้ทะเล หรือตำนานแห่งขุมทรัพย์โจรสลัดซุกซ่อนอยู่ใต้มหาสมุทร พวกเขาได้พบกับ เหล่านักล่าสมบัติ แต่กลับเกิดคดีปริศนาขึ้น งานนี้โคนันจึงร่วมมือกับ ไฮบาระ ไอเพื่อสืบหาความจริงในกลุ่มนักล่า