โคนัน รัน ไฮบาระ ไอ และดอกเตอร์อากาสะ ได้รับเชิญให้ไปร่วมงานเลี้ยงฉลองตำแหน่งนางงามญี่ปุ่น หรือ มิสแจแปนนีสค์ (Miss Japaneseque) ที่ซึ่งมีการขู่สังหารโคโตบุกิ คาเรน ผู้ครองตำแหน่งคนปัจจุบัน นอกจากนั้นเอโดงาวะ โคนันและไฮบาระ ไอได้รับประทานเค้กที่มีส่วนผสมของเหล้าที่มีส่วนผสมของสารที่ที่ช่วยเพิ่มความเร็ว (Enhancer) ในการเพิ่มจำนวนเซลล์เป็นทวีคูณ โดยไม่ทราบว่าเป็นเหล้าชนิดใด ทำให้ทั้งสองกลับร่างเดิมชั่วคราว ซึ่งเป็นเวลาเดียวกับที่องค์กรชุดดำกำลังไล่ล่าตัวมิยาโนะ ชิโฮะ (หรือ ไฮบาระ) ในขณะนั้นเอง โคโตบุกิ คาเรนก็ถูกสังหาร ชินอิจิต้องใช้ความสามารถของเขาเพื่อพาไฮบาระและทุกคนรอดจากการตามล่าขององค์กรชุดดำ ในขณะเดียวกันก็ต้องไขคดีฆาตกรรมที่เกิดขึ้นในงานอีกด้วย