就读于市立见泷原中学二年级的女孩鹿目圆，日复一日过着普通平凡的生活。某天晚上，她梦见一个伤痕累累的少女与神秘的生物交战。次日清晨，名叫晓美焰的女孩转到小圆的学校上课，而晓美焰竟然与小圆梦中的女孩一模一样。放学途中，小圆与好友美树沙耶香遭遇了梦中那个神秘生物——满身伤痕、奄奄一息的丘比，追杀丘比的则是转校生晓美焰。小圆和沙耶香救助了丘比，却意外闯入了一个神秘的空间。关键时刻，魔法少女巴麻美救助了她们，奇妙的魔法少女世界由此拉开序幕。