小智一行人在旅行途中突然遇到“梦幻神奇宝贝”-波尔凯尼恩从天而降，其落下的冲撃让小智与波尔凯尼恩被奇妙的装置联系在一起，被波尔凯尼恩给牵着走的小智等人来到了有巨大齿轮的都市阿佐特王国… 拥有不停转动的巨大齿轮的超级机关城市——阿佐特王国的大臣贾维斯，得到了他长年所追寻的终极发明。那就是500年前诞生于阿佐特王国的人造神奇宝贝——玛机雅娜，以及据说寄存在玛机雅娜体内，被称为“魂心”的未知力量。 究竟被绑在一起的小智和波尔凯尼恩，能不能合力救出玛机雅娜呢？然而，隐藏于“魂心”中的真正力量又是什么？神奇宝贝史上最火热的对战即将开始!