公元2194年，突然出现在宇宙中身份不明的敌人对地球发起了进攻，全世界的战斗力量团结在一起抵御外敌。然而，人类所掌握的技术水平远负于敌方，因此在敌方宇宙舰队极具威胁力的攻击之下，地球军全线溃败。敌人在世界各地投下了无数的游星炸弹，超过半数的人类死亡。五年后，即公元2199年。游星炸弹中的放射性物质地球造成了严重污染，那个美丽的青色星球已经无迹可寻，残存下来的人们逃到地下生活。昔日的王牌飞行员古代进（木村拓哉 饰）已经退伍，为了回收资源而到地表进行搜寻工作。这一天，天空中出现了不明飞行物并落到了他的身边。事实上，这个不明飞行物是一个通讯密封舱，来自距地球14万8千光年的伊斯坦达鲁星。据此，人们判断出伊斯坦达鲁星有清除放射能的装置。地球联军在这个飞行器中找到了驱动器、波动引擎的设计图，并将唯一一个残留下来的战舰改造为宇宙战舰大和号。距离放射性物质毁灭人类还有仅仅一年的时间，为获得解除这种威胁的装置，古代进与船员们驾驶着大和号再度踏上旅程，伟大的战斗即将打响……