城市需要英雄来拯救，黑暗降临纽约，大反派施莱德和他率领的异族用铁腕压制一切，从警察到政客都被其所控制。神龟们和无畏的女记者爱普莉尔以及聪明的摄像师菲诺通力合作，摧毁施莱德的恐怖计划，让这座城市重新恢复宁静。 在犯罪和恐惧不断蔓延的城市里，史莱德和他所率领的邪恶大脚帮把警方和政客牢牢控制在魔掌中，未来的前景更是一片黑暗，直到离群索居的四位忍者神龟兄弟挺身而出。他们在一场变调的科学实验中存活了下来，从下水道崛起并承担使命，成为戴着面具的终极正义使者。面对史莱德想要支配整座城市的残酷计划，忍者神龟将和勇敢无惧的女记者爱普尔·奥尼尔（梅根·福克斯 饰）以及爱耍嘴皮的摄影师弗恩（威尔·阿奈特 饰）通力合作，拯救纽约市民。