Ash, Pikachu a jeho přátelé se snaží zastavit dvojici zlodějů, kteří se ukrývají v kanálech a uličkách Altomare, odvěkého hlavního města vod. K dobrodružství se přidávají dva noví legendární pokémoni, dvojice sourozenců Latias a Latios, kteří slouží jako strážci míru a ochránci Soul Dew - neocenitelného pokladu s tajemnou mocí.