세계에서 가장 아름답다고 불리우는 물의 도시 「아르트말레이」. 거기서 지우 일행은 신비한 기술을 지닌 포켓몬 「라티아스」, 「라티오스」와 만난다. 「라티오스」는 오빠, 「라티아스」는 여동생. 사이가 좋은 오누이로 이 마을의 비보 「마음의 물방울」을 지키고 있다. 비보를 노리고 나타난 괴도 자매 「잔느」와 「리온」. 이 두 괴도자매가 일으킨 사건에 휘말리는 지우와 피카츄 일행. 숨겨진 봉인이 풀릴 때 마을은 큰 수해를 입는다. 빼앗긴 「마음의 물방울」을 되찾기 위해 지우와 피카츄가 물의 도시를 달려나간다.