Professor Charles Xavier ønsker at lægge en dæmper på det had og den frygt, der er for mutanterne, og samler derfor en gruppe, der lærer at bruge deres evner på en god måde og til gavn for menneskeheden - de såkaldte X-Men. Men Xavier er ikke den eneste, der har øje for mutanterne. Den magtsyge Magneto har planer om at tilegne sig verdensherredømmet og har derfor samlet en gruppe mutanter, der skal hjælpe ham godt på vej. Hvorledes en kamp mellem to grupper er uudgåenlig...