Στο κοντινό μέλλον η εξέλιξη του ανθρώπινου είδους έχει οδηγήσει στην εμφάνιση μεταλλαγμένων ανθρώπων οι οποίοι κατέχουν ειδικές δυνάμεις. Μονάχα που ο φόβος της ανθρωπότητας για τα νέα είδη έχει δημιουργήσει ένα ασφυκτικό ρατσιστικό κλίμα. Ο ρατσισμός αυτός είναι που θα οδηγήσει και στη σύγκρουση μεταξύ των μεταλλαγμένων. Συγκεκριμένα μεταξύ του καθηγητή Ξαβιέ (αρχηγού των X-MEN) που θέλει να πεισει με ειρηνικό τρόπο τους κοινούς ανθρώπους ότι οι μεταλλαγμένοι δεν αποτελούν κίνδυνο από τη φύση τους και του Μαγκνέτο που με τη βοήθεια μιας μηχανής θέλει να επιταχύνει τη διαδικασία μετάλλαξης σε όλους τους ανθρώπους. Στη σύγκρουση αυτή ιδιαίτερο ρόλο θα παίξουν ο Λόγκαν, ένας μεταλλαγμένος χωρίς παρελθόν και ένα νεαρό κορίτσι η Ρογκ. Οι τελευταίοι στη προσπάθεια αναζήτησης ταυτότητας θα βρεθούν ανάμεσα στο «παιχνίδι» των Ξαβιέ και Μαγκνετο.