Kampen om tid og rum begynder igen...! Den legendariske Arceus. For lang tid siden tildelte Arceus lidt af sin mægtige kraft i form af Livets juvel for at hjælpe byen Michina i nødens stund – men blev forrådt, da denne kraft skulle leveres tilbage til sin ejermand. Nu vil Arceus vende tilbage for at generobre den stjålne kraft – hævngerrig og tilsyneladende ustoppelig. Ikke engang de forenede kræfter fra Dialga, Palkia og Giratina kan stoppe Arceus i at ødelægge på tværs af adskillige dimensioner. Men Ash og hans allierede kan have opdaget en måde at få gjort op med dette ældgamle forræderi. Vil der være tid til at returnere Livets Juvel, før Arceus udrydder alt og alle, de nogensinde har kendt til?