Lang geleden schonk Arceus een fragment van zijn ongelofelijke kracht – gevat in het Levensjuweel – aan Michina om de stad uit de nood te helpen. Maar toen het moment aanbrak om zijn kracht terug te krijgen, zag Arceus zich verraden. Nu maakt de wraakzuchtige en schijnbaar onstuitbare Arceus zich op om zijn gestolen macht terug te eisen. En zelfs de gebundelde krachten van Dialga, Palkia en Giratina blijken niet opgewassen tegen Arceus’ verwoestende aanwezigheid in verschillende dimensies. Gelukkig hebben Ash en zijn vrienden misschien een manier gevonden om dat oeroude verraad weer goed te maken. Kunnen ze het Levensjuweel teruggeven voor Arceus alles en iedereen verwoest die ze ooit gekend hebben?