Les vacances s'achèvent pour Ben Tennyson, sa cousine Gwen et leur Grand-père Max. A la fin de l'été où Ben a découvert l'Omnitrix tous trois retournent pour la rentrée à leur ville natale de Belwood, au désespoir de Ben, qui doit donc arrêter de jouer les super-héros pour reprendre une vie normale. Cependant, cette fin n'est pas aussi calme qu'il l'aurait cru : Eon, un très ancien extra-terrestre capturé jadis par les Plombiers, s'échappe de sa prison. Il souhaite à présent retrouver Ben et l'Omnitrix pour un plan destiné à permettre une invasion de son peuple sur Terre...