Ben volta após as férias de verão, e tem que se adaptar a vida normal. Mas um novo vilão chamado Eon, invade e aterroriza Bellwood. Então Ben precisa impedir que Eon, usando o Omnitrix, libertar os Chronianos (espécie dele) e abra um portal entre a galáxia deles e a da Terra, possibilitando uma invasão a Terra.