Sur son éternelle route, Ichi est chargé par un mystérieux homme de remettre une lettre à une jeune femme. Arrivé à sa destination, une ville tenue par le corrompu Jinbei, il apprend que son commanditaire n'était autre qu'un assassin en fuite, cherchant à recontacter sa sœur. Ordonné par Jinbei, il a tué un homme avant d'être trahi et exilé sur une île. Ayant juré vengeance, Zatoichi aura une nouvelle fois fort à faire pour sauver la vie de l'homme, s'occuper de l'enlèvement de sa colocatrice, croiser les fantômes de sa jeunesse et rétablir la justice.