Kirk admirális diadala Khan felett, és a Genezis bolygó megteremtése üres győzelmek. Spock halott, és McCoy megmagyarázhatatlanul megőrült. Aztán Sareknek, Spock apjának váratlan látogatása döbbenetes felfedezést hoz: Spock élő esszenciája McCoyban rejtőzik. Az egyik barátja él, a másik nem, de mindkettő szenved, ezért Kirk megpróbál segíteni rajtuk, ellopja az U.S.S. Enterprise űrhajót, és szembeszáll a Csillagflotta Genezis bolygót körülvevő vesztegzárával. De a klingonok szintén tudomást szereztek a Genezisről, és oda igyekeznek, hogy találkozzanak Kirkkel egy halálos randevún.