Öt esztendős vizsgálat után a kormány lezártnak tekinti az X-aktákat. Egy dallas-i eset kapcsán azonban Mulder ügynök ismét gyanút fog. A városban ugyanis felrobbant és porig égett az egyik épület. A romok között pedig emberi maradványokat találtak. Muldernek a fülébe jut, hogy talán nem is igazi áldozatok ők és már halottak lehettek a robbanás idején. Úgy tűnik, hogy a kormány valamilyen titkos program bizonyítékait akarta így eltüntetni. Mulder választ szeretne kapni a kérdéseire. Amikor szimatolása közben Scully-t újra elrabolják, utána ered és megdöbbentő felfedezésre jut. A mozifilm az V.-VI. szezonok között helyezkedik el, a VI. szezon kezdetéhez szükséges a nagyfilm ismerete.