Twee tegenpolen, de "open-minded" Fox Mulder, en de sceptische Dana Scully, werken al enkele jaren bij de FBI aan de X-Files: onopgeloste zaken met een bovennatuurlijke tintje. Door de constante conflicten die ze hierbij hebben met hun superieuren zijn de X-Files onlangs gesloten, waarna Mulder en Scully op een bommelding gezet worden.