Sonic, Knuckles és Tails újra összeállnak egy új, hatalmas ellenféllel, Shadow-val, a titokzatos gonosztevővel, akinek olyan ereje van, amilyennel eddig még nem találkoztak. Mivel képességeik minden tekintetben felülmúlják őket, a Team Sonic csapatának egy szokatlan összefogást kell keresnie annak reményében, hogy megállítsák Shadowt és megvédjék a bolygót.