1996: Birth Island, residenza del re dei mostri, viene distrutta misteriosamente. Contemporaneamente il mostro Godzilla, con la pelle ricoperta di ferite ardenti, attacca la città di Hong Kong. Lo studente Kenichi Yamane, nipote adottivo del professor Yamane, ritiene che Godzilla non sia più in grado di contenere le reazioni nucleari all'interno del suo corpo: se la potenza di Godzilla eruttasse completamente fuori, l'esplosione conseguente distruggerebbe l'intero Giappone, in altre parole, Godzilla si è trasformato in una bomba atomica ambulante. Per impedire ciò, la G-Force inizia a studiare gli effetti del Micro Oxigen, simili a quelli dell'Oxigen Destroyer, la bomba che neutralizzò Godzilla nel 1954. Intanto nelle fogne di Tokyo e in un acquario cominciano a svilupparsi strane creature simili a crostacei, in grado di emettere Micro Oxigen. Si ritiene che gli animali siano stati creati dal Distruttore d'Ossigeno più di quarant'anni prima.