Nagle zniszczona zostaje Wyspa Narodzin, miejsce w którym na świat przyszła i mieszkała Godzilla. Naukowcy szybko odkrywają, że nuklearna energia, w wyniku której powstał potwór zaczęła nagle zwiększać swą moc i monstrum może eksplodować niszcząc w ten sposób większą część świata. Specjalny oddział ma zamrozić Godzillę aby obniżyć jej temperaturę i zapobiec eksplozji, ale w tym samym czasie Japonię zaczynają atakować zmutowane potwory. Ludzie muszą teraz nie tylko powstrzymać zbliżający się wybuch, ale również stawić czoła hordom mutantów.